Köyceğiz Gölü ve gölün sahille birleştiği bölgede kurulan Karia’nın önemli limanlarından ve ticaret merkezlerinden Kaunos şehri ilçenin turizmdeki önemini arttırmaktadır. Dalyan’dan kalkan teknelerle antik kente ulaşmak mümkündür.

Ayrıca ilçenin Sultaniye Köyü’nde mevcut olan Sıcak-Soğuk Termal Kaplıcaları, sağlık turizmi bakımından önemli bir merkezdir. Diğer taraftan Yayla Köyü ve kuzeyindeki Gökçeova, safari turizmiyle ilgi görmektedir. Çandır Köyü Horozlar mevkiinde çamur banyoları ve tesisleri bulunmaktadır.

Köyceğiz'in Akdeniz kıyısında bulunan mahallesi Ekincik Koyu, uzun plajı, nefis koyu ve yat limanıyla, su sörfü, su kayağı ve yüzme için elverişli yerlerden biridir. Her gelenin eşsiz bir yer keşfettim dediği ekincik, tatilde sessizliği,huzuru,güzel deniz ve ormanı arayanlar için ideal bir koydur.

Köyceğiz Gölü, Dalyan Kanalı, kaplıca ve çamur banyoları, 10 km. uzaklıktaki 800 m. rakımlı Ağla Yaylası, Şelale, Yuvarlakçay görülmeye değer yerlerdir. Dalaman Çayı, rafting ve trekking için önemlidir. Ağla Yaylası için yayla turizmi çalışmaları sürdürülmekte olup ayrıca göl çevresinde, Köyceğiz-Dalyan arasında bisiklet parkuru için alt yapı çalışmaları yapılmaktadır.

Köyceğiz Gölü Akdeniz Bölgesinin batı ucunda, ilçe hudutları içerisinde yer alıp suyu kükürtlü bir göldür.^[26] Köyceğiz Gölü’nün batısında Ölemez Dağı, doğusunda Sultaniye Köyü sınırları içinde, kıyı boyunca çok sayıda termal kaynaklar vardır. Turizm ve Sağlık Bakanlığı’nca yaptırılan araştırma ve incelemeler sonucunda çok sayıda ılıca-kaplıca ve içme kaynakları tespit edilmiştir. Bu termal kaynakların en önemlileri ve sağlık amaçlı olarak işletilenleri, Hasan Çavuş Ilıcası ve Kokar Girme denilen kaplıcalarıdır.

Sultaniye Kaplıcaları’nın tarihi çok eskilere dayanmaktadır. Milattan önceki yüzyıllardan itibaren bir şifa yurdu olarak işletilmiştir. Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı döneminde halkın hizmetine sunulmuştur. Roma döneminde 400 hastaya aynı anda hizmet verecek kadar gelişmiş bir hastane durumundaydı. Kaynaklara göre, hastanenin girişinde “Tanrılar adına buraya ölüm giremez” diye yazılmıştır. Ölemez Dağı da adını kaplıcalardan almıştır.

2015 yılının Temmuz ayında Şamanizm ve Tangrizim inancına sahip olan insanların katılımıyla Ayata Festivali düzenlenmiştir.